Ewidencjonowanie zapisów w KPiR przez biura rachunkowe wiąże się z nieco innymi zasadami niż samodzielne jej prowadzenie (§ 30 Rozporządzenia Ministra Finansów z 26 sierpnia 2003 r. (Dz. U. nr 152, poz. 1475 ze zm.). Pomimo tego, że ogólne zasady prowadzenia księgi są takie same w obu przypadkach, tzn. zapisy muszą być dokonywane chronologicznie na podstawie odpowiednich dowodów (§ 12—16 w.w. rozporządzenia), to zasadniczą różnicą dotyczącą biur rachunkowych jest dokonywanie zapisów za dany miesiąc do 20go dnia miesiąca następnego. Oznacza to, że podmiot, który zleca prowadzenie księgi biuru rachunkowemu, musi zadbać o to, aby do 20go każdego miesiąca za miesiąc poprzedni biuro dysponowało całą dokumentacją, na podstawie której dokona zapisów w KPiR. Jest to niezbędne do zapewnienia terminowego rozliczania podmiotu z budżetem.
Dodatkową różnicą prowadzenia księgi przez biuro rachunkowe a podatnika samodzielnie prowadzącego KPiR, jest termin sporządzenia wydruków zapisów dokonanych w księdze. W przypadku biura nastąpi to po dokonaniu zapisów, czyli najpóźniej do dnia 20 każdego miesiąca za miesiąc poprzedni, a podmiot samodzielnie prowadzący księgę, na koniec danego miesiąca. Wydruk ten ma zwierać podsumowanie zapisów za dany miesiąc.
